主管部門對章程賦予高校和科研院所管理權(quán)限的事務(wù)不得干預(yù)。

● 項目實施期間實行“里程碑”式管理，減少各類過程性評估、檢查、抽查、審計等。

● 改革間接經(jīng)費預(yù)算編制和支付方式，不再由項目負責人編制預(yù)算，由項目管理部門（單位）直接核定并辦理資金支付手續(xù)，資金直接支付給承擔單位。

● 落實橫向經(jīng)費使用自主權(quán)，單位依法依規(guī)制定的橫向經(jīng)費管理辦法可作為審計檢查依據(jù)。

● 允許項目承擔單位對國內(nèi)差旅費中的伙食補助費、市內(nèi)交通費和難以取得發(fā)票的住宿費實行包干制。科技、教育部門適時選擇部分高校和科研院所探索開展國內(nèi)差旅費報銷改革試點。

● 對科研急需的設(shè)備和耗材，采用特事特辦、隨到隨辦的采購機制，可不再走招投標程序。

● 具有相應(yīng)授權(quán)的高校和科研院所在研究生招生計劃分配中，要向承擔科技重大專項、重點研發(fā)計劃等國家重大科研項目的優(yōu)秀團隊和導(dǎo)師傾斜。探索基于重大科技創(chuàng)新平臺、重大科研項目和工程項目加強博士研究生培養(yǎng)，完善培養(yǎng)成本分攤機制。

● 對本土培養(yǎng)人才與海外引進人才一視同仁、平等對待。支持和鼓勵高校和科研院所專業(yè)技術(shù)人員以掛職、參與項目合作、兼職、在職創(chuàng)業(yè)等方式從事創(chuàng)新活動。

● 對引進的急需緊缺高層次人才和有突出貢獻的人才，允許高校和科研院所在明確標準、程序和公示公開的前提下，開辟評審綠色通道，評審標準不設(shè)資歷、年限等門檻。

● 對全時承擔國家關(guān)鍵領(lǐng)域核心技術(shù)攻關(guān)任務(wù)的團隊負責人以及單位引進的急需緊缺高層次人才等可實行年薪制、協(xié)議工資、項目工資等靈活分配方式。