主管部門對章程賦予高校和科研院所管理權限的事務不得干預。

● 項目實施期間實行“里程碑”式管理，減少各類過程性評估、檢查、抽查、審計等。

● 改革間接經費預算編制和支付方式，不再由項目負責人編制預算，由項目管理部門（單位）直接核定并辦理資金支付手續，資金直接支付給承擔單位。

● 落實橫向經費使用自主權，單位依法依規制定的橫向經費管理辦法可作為審計檢查依據。

● 允許項目承擔單位對國內差旅費中的伙食補助費、市內交通費和難以取得發票的住宿費實行包干制。科技、教育部門適時選擇部分高校和科研院所探索開展國內差旅費報銷改革試點。

● 對科研急需的設備和耗材，采用特事特辦、隨到隨辦的采購機制，可不再走招投標程序。

● 具有相應授權的高校和科研院所在研究生招生計劃分配中，要向承擔科技重大專項、重點研發計劃等國家重大科研項目的優秀團隊和導師傾斜。探索基于重大科技創新平臺、重大科研項目和工程項目加強博士研究生培養，完善培養成本分攤機制。

● 對本土培養人才與海外引進人才一視同仁、平等對待。支持和鼓勵高校和科研院所專業技術人員以掛職、參與項目合作、兼職、在職創業等方式從事創新活動。

● 對引進的急需緊缺高層次人才和有突出貢獻的人才，允許高校和科研院所在明確標準、程序和公示公開的前提下，開辟評審綠色通道，評審標準不設資歷、年限等門檻。

● 對全時承擔國家關鍵領域核心技術攻關任務的團隊負責人以及單位引進的急需緊缺高層次人才等可實行年薪制、協議工資、項目工資等靈活分配方式。